1996.09-2000.07，華東理工大學 本科；
2000.09-2003.07，廈門大學 細胞生物學 碩士；
2004.08-2006.04，丹麥科技大學 生物信息學 碩士；
2006.07-2011.01，丹麥科技大學 系統生物學 博士。
2010.03-2012.03，哈佛大學癌癥中心 博士后；
2012.03-2017.10，廈門大學醫學院 副教授；
2017.11- 至今 廈門大學醫學院，教授；
2015~至今 掛職擔任廈門大學附屬第一醫院兒內科科研副主任，開展兒科遺傳性缺陷篩查和科研支撐工作；
2016~至今 掛職擔任衛計委健康醫療大數據管理中心主任。負責建立人口健康大數據應用開放平臺，支持兒科智能化研究。
2018.9至今 廈門大學健康醫療大數據國家研究院副院長
社會任職：
2024年-至今 廈門外國語學校瑞景分校 科學副校長
2024年-至今 廈門大學附屬婦女兒童醫院兒科 雙聘主任
2018年-2024年 廈門大學附屬第一醫院兒科 雙聘主任
2023年-至今 中國細胞生物學學會 功能基因組信息學與系統生物學分會 委員
2021年-至今 福建省生物信息學學會 副秘書長，理事
2021年-至今 中國醫療保健國際交流促進會—健康數據與數字醫學分會 委員
2020年-至今 中國優生優育協會婦科腫瘤專業委員會 副主任委員
2019年-至今 廈門大學醫學院醫學倫理委員會 委員
2018年-至今 數字福建健康醫療大數據研究所 副所長
2018年-至今 廈門大學附屬第一醫院血液學系 兼職教授
2017年-至今 廈門大學健康醫療大數據國家研究院 副院長
主講課程：
資料更新中……
培養研究生情況：
培養碩士研究生20個，博士研究生15個。
主要研究方向：
1.腫瘤演進研究：運用統計學模型從遺傳多態性，體細胞變異，表觀基因組學和基因表達等多組學數據中尋找與腫瘤分型，預后，靶向治療敏感性等臨床特征有關的決定因子并解釋其調控機制；在此基礎上建立基于多組學關聯的復雜網絡模型，應用人工智能方法發現新的腫瘤驅動基因
2.染色質三維結構預測：基于圖神經網絡的跨細胞系染色質三維結構預測，利用GCN框架預測跨細胞系Hi-C數據和表達數量性狀位點（Expression Quantative Trait Loci, eQTL）
3.單細胞轉錄組算法研究：基于K-means和Louvain的大型單細胞聚類算法；基于最小無偏代表點（MURP）的降采樣算法；基于單細胞轉錄組的時間分化軌跡研究；基于單細胞轉錄組的空間重構
4.利用單細胞測序技術研究母胎界面免疫微環境中T淋巴細胞演進路線的重建及其轉錄調控；利用單細胞測序技術研究吸煙對于肺癌免疫微環境的影響
5.基于無創產前檢測（NIPT）的體細胞突變圖譜與腫瘤的關聯性研究
6.醫保大數據研究：醫保定點醫藥機構布局規劃專項業務，本項目應用網格化地理信息管理和大數據技術，實現對城市參保人口醫保資源有效供給的精準化評價和管理，對城市新增定點醫療機構和藥店的地理設置提供實時評估和咨詢；向醫保管理部門和社會提供實時精準的資源呈現，為醫保定點醫療機構存量管理和增量規劃提供統計依據
研究領域：
主要從事針對腫瘤基因組的轉化醫學研究，運用統計學模型從遺傳多態性，體細胞變異，表觀基因組學和基因表達等多組學數據中尋找與腫瘤分型，預后，靶向治療敏感性等臨床特征有關的決定因子并解釋其調控機制；在此基礎上建立基于多組學關聯的復雜網絡模型，應用人工智能方法發現新的腫瘤驅動基因。
承擔科研項目情況：
1、國家自然科學基金委員會, 面上項目, 82272944, 腫瘤演進過程中DNA甲基化重編程的標簽及其驅動因素, （2023.01 - 2026.12）,主持
2、科技部-國家重點研發計劃,生育健康及婦女兒童健康保障,2022YFC2704801 , 極/超早產兒數據庫及專病隊列建設與精準防治體系建立, （2022.12 -2025.11）,參與
3、國家自然科學基金面上項目 復發性體細胞變異對腫瘤基因表達的決定作用及其分子機制，項目編號：31371289（2014.01-2017.12）,主持
4、廈門市醫療保障中心，2022至2023年度醫保基金運行風險分析與精算服務，2023-12-10至2024-02-23，主持
5、廈門眼科中心有限公司，2019-2022全國中小學生視力健康校篩數據分析報告，2023-10至2024-03，主持
6、廈門市創新生物醫藥研究院，基于全轉錄組測序的腫瘤樣本癌蛋白活性分析及靶向藥物匹配的腫瘤精準治療分析軟件，2023-07至2025-07，主持
7、啟真生物科技（廈門）有限公司，廈門大學醫學院-啟真生物”細胞應激研究創新單元轉化平臺” ，2022-12至2027-12，參與
8、廈門市醫療保障中心，2021年度醫保基金運行風險分析與精算服務合同，2022-10至2022-12，主持
9、佛山市醫療保障局，醫保定點醫藥機構 布局規劃決策支撐服務系統項目，2022-09至2023-09，主持
10、翼健（上海）信息科技有限公司，生物信息分析服務，2021-12至2022-3，主持
11、廈門眼科中心有限公司，2019-2021全國中小學生視力健康校篩數據分析報告，2022-04至2023-04，主持
12、廈門市翔安區衛生健康局，翔安區基層醫療衛生信息化發展狀況及建議，2022-01至2022-02，主持
13、廈門市醫療保障中心，2021-2023年醫保定點醫藥服務資源配置分析，2021-12至2024-12，主持
14、廈門基源醫療科技有限公司，新生兒遺傳代謝病基因篩查技術開發及臨床應用，2021-11至2023-11，主持
15、廈門市醫療保障中心，2020年度醫保基金運行風險分析與精算服務，2021-09至2021-11，主持
16、廈門攸基數據科技有限公司，廈門大學醫學院—攸基院企聯合智慧健康研發中心，2021-7至2026-7，主持
17、北京樹培醫療科技有限公司，中華醫學會腹膜后腫瘤隊列數據管理平臺，2021-1至2021-04，主持
18、正大天晴藥業集團股份有限公司，廈門門診統籌控費政策分析研究，2020-08至2020-12，主持
19、廈門市翔安區衛生健康局，翔安區醫療衛生數據綜合治理及醫療保障管理系統建設（一期）技術服務，2020-8至2021-7，主持
20、廈門市醫療保障中心，2019年度醫保基金運行風險分析與精算服務，2020-06至2020-10，主持
21、中國太平洋人壽保險股份有限公司廈門分公司，長護險產品模型設計研究及模擬，2020-04至2020-09，主持
22、上海覃谷生物技術有限公司，游離DNA甲基化突變陽性參考品的制備技術，2019-07至2021-07，主持
23、廈門醫數通醫療科技有限公司，合理用藥人工智能決策引擎構建，2019-07至2020-01，主持
24、廈門市醫療保障基金管理中心，醫保基金管理和風險與精算服務，2019-05至2019-10，主持
25、廈門市健康醫療大數據管理中心，廈門區域業務集成平臺--廈門市醫療和疾控數據資源目錄，2019-05至2019-11，主持
科研成果：
1.證實了遺傳多態性通過“順-反作用”機制調控基因表達的分子生物學機制，該研究“照亮了癌癥易感性位點的生物學機制”。更令人注意的是，這項研究的絕大多數工作，是在計算機上完成的。
2.對美國國家癌癥中心數據庫里（TCGA）的腫瘤遺傳多態性，體細胞變異，甲基化和基因表達進行了系統建模分析，證實了若干乳腺癌風險位點與乳腺癌細胞基因表達之間的決定關系。
3.借助表觀遺傳學數據（ENCODE），發現乳腺癌風險位點位通過影響相應轉錄因子的表達繼而改變下游基因的轉錄效率，并提出了遺傳多態性的“順-反作用”。
已申請美國的專利：
1. 實體腫瘤的臨床預后基因標簽, 美國專利申請號 No. 61/175,781
中國發明公開：
[1]郭金濤, 李奇淵, 鐘桃玲, 周裕林. 腫瘤體細胞突變標簽提取方法及裝置[P]. 福建省: CN117912556A, 2024-04-19.
[2]郭金濤, 李奇淵, 鐘桃玲, 周裕林. 腫瘤體細胞突變標簽傾向分數計算方法及裝置[P]. 福建省: CN117912555A, 2024-04-19.
[3]李奇淵, 秦青青, 周穎, 郭金濤. 一種乳腺癌腫瘤特異性甲基化標簽的鑒定方法、甲基化標簽和探針位點[P]. 福建省: CN117721206A, 2024-03-19.
[4]陳龍彪, 李奇淵, 鄭能鑫, 游建議, 梁濤, 王程. 醫療大數據可視化分析方法、介質、設備及系統[P]. 福建省: CN111242491A, 2020-06-05.
[5]劉青青, 謝文龍, 曾緣歡, 陳榮山, 李宇, 溫恒斌, 肖辛野, 姚迅, 李奇淵, 李曉哲. 一種循環腫瘤DNA低頻突變的檢測方法[P]. 福建: CN108866174A, 2018-11-23.
[6]曾緣歡, 劉青青, 謝文龍, 陳榮山, 李宇, 溫恒斌, 陳詹妮, 林程宏, 黃書鑫, 林儉耀, 姚迅, 李奇淵. 一種林奇綜合征相關基因變異的檢測方法[P]. 福建: CN108192971A, 2018-06-22.
[7]詹杜清, 楊文輝, 肖辛野, 謝文龍, 陳榮山, 顏夏菲, 姚迅, 李奇淵. 一種快速提取血液和口腔拭子基因組DNA的方法[P]. 福建: CN107988210A, 2018-05-04.
[8]方春妮, 楊文輝, 詹杜清, 陳榮山, 謝文龍, 肖辛野, 鄭巧鳳, 李奇淵, 姚迅. 一種用于檢測氯吡格雷個體化用藥相關的基因多態性位點的核酸質譜檢測試劑盒及應用[P]. 福建: CN107904306A, 2018-04-13.
[9]李奇淵, 朱明, 劉煜達, 張曉龍. 一種血漿DNA邊提取邊轉化的方法及應用[P]. 浙江: CN107868813A, 2018-04-03.
[10]楊文輝, 詹杜清, 方春妮, 謝文龍, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種葉酸代謝基因多態性位點的基因型檢測方法及試劑盒[P]. 福建: CN107630073A, 2018-01-26.
[11]劉青青, 謝文龍, 李珊, 王松林, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種16S rDNA高通量測序文庫的構建方法[P]. 福建: CN106282177A, 2017-01-04.
[12]李珊, 謝文龍, 劉青青, 王松林, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種肺泡灌洗液宏基因組的提取方法[P]. 福建: CN106244580A, 2016-12-21.
[13]王松林, 謝文龍, 劉青青, 李珊, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種口腔咽拭子細菌宏基因組DNA提取方法[P]. 福建: CN106047868A, 2016-10-26.
[14]李珊, 謝文龍, 劉青青, 王松林, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種海水微生物宏基因組的提取方法[P]. 福建: CN106047869A, 2016-10-26.
發明授權：
[1]劉青青, 謝文龍, 曾緣歡, 陳榮山, 李宇, 溫恒斌, 肖辛野, 姚迅, 李奇淵, 李曉哲. 一種循環腫瘤DNA低頻突變的檢測方法[P]. 福建省: CN108866174B, 2023-05-19.
[2]李奇淵, 朱明, 劉煜達, 張曉龍. 一種血漿DNA邊提取邊轉化的方法及應用[P]. 上海市: CN107868813B, 2021-07-27.
[3]方春妮, 楊文輝, 詹杜清, 陳榮山, 謝文龍, 肖辛野, 鄭巧鳳, 李奇淵, 姚迅. 一種用于檢測氯吡格雷個體化用藥相關的基因多態性位點的核酸質譜檢測試劑盒及應用[P]. 福建省: CN107904306B, 2021-03-30.
[4]曾緣歡, 劉青青, 謝文龍, 陳榮山, 李宇, 溫恒斌, 陳詹妮, 林程宏, 黃書鑫, 林儉耀, 姚迅, 李奇淵. 一種林奇綜合征相關基因變異的檢測方法[P]. 福建省: CN108192971B, 2020-10-16.
[5]李珊, 謝文龍, 劉青青, 王松林, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種肺泡灌洗液宏基因組的提取方法[P]. 福建省: CN106244580B, 2019-05-24.
[6]李珊, 謝文龍, 劉青青, 王松林, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種海水微生物宏基因組的提取方法[P]. 福建省: CN106047869B, 2019-05-24.
[7]王松林, 謝文龍, 劉青青, 李珊, 陳榮山, 肖辛野, 李奇淵, 姚迅. 一種口腔咽拭子細菌宏基因組DNA提取方法[P]. 福建省: CN106047868B, 2019-05-21.
軟件著作：
1. 單細胞數據的無偏降采樣系統 [簡稱:MURP]V1.0 2023SR1327445
2. 從超低深度全基因組測序中分析腫瘤體細胞突變標簽的軟件 [簡稱:ulcSig]V1.0 2023SR1565307
代表性英文論文：
[1]Huanhuan Liu, Qinwei Chen, Jintao Guo, Ying Zhou, Zhiyu You, Jun Ren, Yuanyuan Zeng, Jing Yang, Jialiang Huang, Qiyuan Li*, Epigenome-augmented eQTL-hotspots reveal genome-wide transcriptional programs in 36 human tissues, Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(3): bbae109.
[2]Qingqing Qin, Ying Zhou, Jintao Guo, Qinwei Chen, Weiwei Tang, Yuchen Li, Jun You, Qiyuan Li*. Conserved methylation signatures associate with the tumor immune microenvironment and immunotherapy response. Genome Medicine 16, 47 (2024).
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[5]Ou, Kunlin,Zhang, Quan,Xi, Feifei,Ni, Huizhen,Lu, Jiebo,Lyu, Xuejing,Wang, Chonggang.Wang, Qin*,李奇淵*.Prenatal EGCG consumption impacts hepatic glycogen synthesis and lipid metabolism in adult mice.International Journal of Biological Macromolecules,2024,260
[6]Chengxin Li,Song, Jing,Chen, Qihong,Ge, Dandan.Yungang Yang*,Qiyuan Li*.Whole-Genome Shotgun Sequencing Unravels the Influence of Environmental Microbial Co-Infections on the Treatment Efficacy for Severe Pediatric Infectious Diseases.Frontiers in Microbiology,2024,15
[7]Jun Ren,Xiaodong Shi,Jintao Guo,Xuejing Lyu,Hongkun Fang,Jing Yang,Yudi Hu,Ying Zhou.Qiyuan Li*.MGPfactXMBD: A Model-Based Factorization Method for scRNA Data Unveils Bifurcating Transcriptional Modules Underlying Cell Fate Determination.[J].elife,2024,
[8]Xuejing Lyu; Shaona Wang; Jiaxin Zhong; Lingzhu Cai; Yanhui Zheng; Ying Zhou; Ying Zhou;Qionghua Chen; Qiyuan Li* ; Gut microbiome interacts with pregnancy hormone metabolites in gestational diabetes mellitus, Frontiers in Microbiology, 2023, 14.
[9]Yan Wang,Quan Zhang,He, Tingting,Wang, Yechen,Lu, Tianqi,Chen, Xin,Cheng, Shih-Chin,Mao, Kairui,Liu, Wen-Hsien,Hong, Yazhen,Zhou, Ying,Xie, Jun,Wang, Xinming,Yang, Kang,Lin, Shen,Wang, Yiyi,Wang, Zengge.Nengming Xiao*,Qiyuan Li*.The transcription factor Zeb1 controls homeostasis and function of type 1 conventional dendritic cells.Nature Communications,2023,14(1):
[10]Chao Yang,Yun Liu,Yudi Hu,Changchun Xiao*,Wen-Hsien Liu*,Qiyuan Li* .Myc inhibition tips the immune balance to promote antitumor immunity.CELLULAR & MOLECULAR IMMUNOLOGY,2022,19(9):1030-1041.
[11]Jun Ren, Quan Zhang, Ying Zhou, Yudi Hu, Xuejing Lyu, Hongkun Fang, Jing Yang, Rongshan Yu, Xiaodong Shi, Qiyuan Li*,Changchun Xiao,Wen-Hsien Liu,Qiyuan Li,A downsampling method enables robust clustering and integration of single-cell transcriptome data.Journal of Biomedical Informatics 130 (2022) 104093
[12]Hu, Yudi; Xu, Chaoqun; Ren, Jun; Zeng, Yuanyuan; Cao, Fengyang; Fang, Hongkun; Jintao, Guo; Zhou, Ying*; Li, Qiyuan,*.Exposure to Tobacco Smoking Induces a subset of Activated Tumor-resident Tregs in Non-Small Cell Lung Cancer.Translational Oncology,2022,15(1):1010261
[13]Xingyuan Zhai†, Kai Liu†, Hongkun Fang†, Quan Zhang, Xianjun Gao, Fang Liu, Shangshang Zhou, Xinming Wang, Yujia Niu, Yazhen Hong, Shu-Hai Lin, Wen-Hsien Liu, Changchun Xiao, Qiyuan Li*, Nengming Xiao*,Mitochondrial C1qbp promotes differentiation of effector CD8+ T cells via metabolic-epigenetic reprogramming.SCIENCE ADVANCES,2021,7(49):1-19
[14]Jintao Guo, Ying Zhou, Chaoqun Xu, Qinwei Chen, Zsófia Sztupinszki, Judit Börcsök, Canqiang Xu, Feng Ye, Weiwei Tang, Jiapeng Kang, Lu Yang, Jiaxin Zhong, Taoling Zhong, Tianhui Hu, Rongshan Yu, Zoltan Szallasi, Xianming Deng, Qiyuan Li*; Genetic Determinants of Somatic Selection of Mutational Processes in 3,566 Human Cancers, Cancer Research, 2021, 81(16):4205-4217
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[29]Jintao Guo,Jiankun Huang,Ying Zhou,Yulin Zhou， Liying Yu, Huili Li, Lingyun Hou, Liuwei Zhu，Dandan Ge, Yuanyuan Zeng, Bayasi Guleng* and Qiyuan Li*.Germline and somatic variations influence the somatic mutational signatures of esophageal squamous cell carcinomas in a Chinese population.BMC Genomics,2018,19(1):538.
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[31]Zhang Shihao; Chen Qinghua; Liu Qingxu; Li Yuxi; Sun Xiufeng; Hong Lixin; Ji Suyuan; Liu Chengyan; Geng Jing; Zhang Weiji; Lu Zhonglei; Yin Zhen Yu; Zeng Yuanyuan; Lin Kwang Huei; Wu Qiao; Li Qiyuan; Nakayama Keiko; Nakayama Keiich I; Deng Xianming; Johnson Randy L; Zhu Liang; Gao Daming; Chen Lanfen*; Zhou Dawang*.Hippo Signaling Suppresses Cell Ploidy and Tumorigenesis through Skp2.Cancer Cell, 2017, 31(5): 669-+.
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發表中文期刊論文：
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廈門大學計算醫學和生物信息學課題組(Lab for Computational Medicine and Bioinformatics) 以現代醫學、生物學、公共衛生管理等理論為基礎，以數理統計、人工智能和大數據分析平臺技術為手段，通過數據建模、挖掘、分析等辦法，構建基于大數據的醫學知識本體，從健康醫療大數據本身的有效信息中探求人的生命和疾病現象的本質及其規律，制定更有效的診斷、治療和健康管理方案。課題組主要圍繞醫療大數據、生物大數據、AI關鍵技術、社科大數據等研究方向開展研究工作。共發表SCI論文57篇，培養碩士研究生20個，博士研究生15個。
團隊成員：
1.郭嘉陽，助理教授， 主要從事兒童癲癇腦電波深度學習方面的研究。
2.周穎，實驗師，主要從事腫瘤基因組及致病機制方面的研究。
3.鐘桃玲，助理實驗師，主要從事醫療大數據方面的研究。
4.郭金濤，博士后，主要從事腫瘤基因組及NIPT方面的研究。
榮譽獎勵：
1、2014年國家高層次青年人才。
2、2017年廈門市高層次引進人才。
3、2017年南強青拔人才。
4、2021年福建省高層次人才B類。
探索學科交叉 共謀學術發展
1月26日上午9點，醫學院和信息學院在翔安校區醫學院會議室舉辦了兩院第一次學科交叉專題研討會。醫學院參會的有劉祖國院長，王彥暉副院長、胡天惠副院長，以及李奇淵、張杰、顏江華等醫學院教授代表。由信息學院李軍院長帶隊的來自計算機科學系、通信工程系和自動化系的10位教師參加了會議，他們是教授王博亮、丁興號、黃聯芬、吉國力、羅雄彪，副教授黃紹輝、黃悅、蔡聰波，助理教授王連生、黃曉陽。
劉祖國院長和李軍院長首先簡要地介紹了各自學院的參會教師，隨后由廈門大學數字醫療技術研發中心常務副主任丁興號教授就醫學成像與圖像處理、數字中醫與健康工程、數字器官與手術仿真、3D打印技術在醫學中的應用四個研究方向詳細介紹了中心近年來的研究成果。接著，信息學院2015年新聘“海歸”教師羅雄彪教授詳細講解了他近7年來在日本和加拿大從事臨床鏡像治療研究的最新成果。他們的報告引起了醫學院參會教師的濃厚興趣，來自兩個學院的教師各自就人工智能與機器學習、腦科學計劃、分子生物醫學、3D打印、視網膜成像等技術做了介紹，隨后進行了具體的對接和深入的探討。
劉祖國院長指出，醫學院和信息學院可以通過信息技術在基礎醫學和臨床醫學中的交叉應用，實現學科發展雙贏。他希望以今天的會議作為開端，實現兩院課題負責人之間、課題組之間的直接對接，特別是依托信息學院在3D打印技術應用、遠程醫療診斷技術、生物信息學三個方面的專業優勢，聯合打造科研團隊，力爭在國家下一輪“腦計劃”和“智慧醫療”等重大科研專項中獲得資助。通過實現團隊工作的互認、成果共享，有效促進兩院間的學科交叉，增強雙方團隊的科研競爭力。
李軍院長強調2015年信息學院的工作重點將是推動學科交叉，促進學科建設國際化，希望借助與醫學學科群的交叉，重點在智慧醫療、移動醫療、數字中醫診斷以及大數據分析技術在轉化醫學中的運用等領域，組建由學科帶頭人領銜的科研團隊，與學校優勢學科及團隊合作，同時借助行業需求之拉動，打造校級交叉學科科研大平臺；通過與美國和加拿大一流高校的合作，推動信息學科的跨越式發展。
雙方決定會后將落實共建學科交叉科研平臺、互認科研成果、聯合申報國家和地方的科研項目、實施研究生聯合培養導師組等具體措施，使兩院的學科交叉落到實處。
來源：廈門大學 2015-02-02
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