基礎克隆了編碼這兩種脂氧合酶的cDNA；首次從水稻分離純化了稻瘟菌誘導的脂肪酸過氧化物羥化環氧化酶；首次提出了植物基因組中存在誘導性的、與感病相關的基因的假設及其在持久抗瘟水稻基因工程中的應用方案，通過差異顯示法從稻瘟菌感染的水稻葉中分離出4種誘導性cDNA，分離了其中部分基因的啟動子；從尖孢鐮刀菌侵染棉花中發現了一個與枯萎病癥狀表達相關的誘導性超氧歧化酶等。這些研究成果均具有明顯的創新性和先進性。
彭友良先后為研究生主講高級植物病理學、植病專業Seminar、分子植物病理學、分子植物病理學實驗技術、分子植物病